有机肥主要作用是改良土壤，同时提供养分，一般作为基肥施入土壤，所以要结合深耕，使土壤与有机肥完全混匀，以达到改善土壤的目的，可更好的改善土壤环境，均衡营养，增加土壤团粒结构等。
基肥中，因有机肥中的养分以氮为主，与有机肥搭配的氮肥可少施，可用30%作底肥，70%作追肥。磷肥和钾肥可作底肥一次性施入，磷肥因移动性差，后期追施效果很差，所以磷肥应作底肥施入土壤。
追施的时候可以以全溶性速效肥为主，这样的肥料分解后可被作物迅速吸收，对土壤影响较小。
生物菌肥因其用量少可集中施在定植穴内或随有机肥底施。后期可多次追施同一种生物菌肥，以壮大菌群，以提高解磷解钾能力和防病效果。
